荧光原位杂交（FISH）技术具有以下优点：

高特异性：荧光探针的合成是定向的，保证了杂交过程的特异性，可以有效地降低非特异性杂交和背景干扰。

高灵敏度：荧光信号的检测比性信号的检测更灵敏，动物组织原位杂交，可以检测出低拷贝数的DNA序列，甚至可以检测单个基因序列。

快速简便：FISH技术操作简便，杂交过程可以在数小时或数天内完成，而且不需要过于复杂的设备，便于在实验室开展。

在ISHH，整个实验周期是比较长的，实验程序也比较繁杂，而杂交在ISHH整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中核酸探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，杂交是ISHH中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为保证杂交所需的湿润环境，可将其放在盛有少量5×SSC或2×SSC（standard saline citrate， SSC）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，所不同的是加入了标记的核酸探针和硫酸葡聚糖。

把滤膜放在纸巾上于室温晾干后，把滤膜（编号面朝上）放在一张保鲜膜上，并在保鲜膜上作几个不对称的标记，以使滤膜与性自显影片位置对应。

用第二张保鲜膜盖住滤膜。加光片并加上增感屏于-70℃曝光12-16小时。

底片显影后，在底片上贴一张透明硬纸片。在纸上标记阳性杂交信号的位置，同时在不对称分布点的位置上作出标记。可从底片上取下透明纸，通过对比纸上的点与琼脂上的点来鉴定阳性菌落。

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