蛋白互作-武汉贝科新肽







标准分类器在蛋白质亚细胞定位中的评估:Debasish Mohapatra 等人对三种标准分类器(Classification And Regression Tree,CART;K-Nearest Neighbor,蛋白互作,KNN;Support Vector Machine,SVM)在蛋白质亚细胞定位预测中的性能进行了比较。实验结果表明,SVM 在准确性和宏观平均精度方面表现较好,而 CART 在宏观平均召回率和宏观 F1 分数方面表现较好。

基于 AdaBoost Learner 的蛋白质亚细胞定位预测:Yu-Huan Jin 等人介绍了一种基于 AdaBoost Learner 的蛋白质亚细胞定位预测方法。该方法利用蛋白质的氨基酸组成进行预测,通过 Jackknife 交叉验证和独立数据集测试表明,AdaBoost 是一种稳健有效的模型,预测准确率高于其他现有预测器。


为什么有的基因定位结果与预想的不一致?

对于一个特定的定位载体,只要荧光表达较好,其定位结果是确定的,不会随人为意愿或操作而改变。至于有时候和预想的结果不一样,可能和蛋白本身、选择的表达载体以及荧光蛋白融合方式等有关。

为什么有的普通定位结果出来后无法准确判断其定位位置?

细胞中的细胞器复杂且多样,除一些常见的、特征比较明显的细胞器外,有些细胞器在激光共聚焦下形状比较相似,例如:线粒体、过氧化物酶体、高尔基体等细胞器,它们的荧光表达形状可能都是点状,因此不易区分。这时可以结合基因的其他功能研究来判断其可能表达的位置。另外,蛋白表达本身也是一个复杂的过程,涉及到多个合成场所及转运过程,自身表达情况可能比较复杂,因此不易判断具体的表达位置。



用水稻原生质体进行亚细胞定位时,为什么不拍摄叶绿体的自发荧光?

经测验,使用水稻黄化苗制备原生质体,载体转化效率及基因表达强度较高,而黄化苗中叶绿体较少,因此水稻原生质体定位拍照时,除非与叶绿体共定位,否则不拍摄叶绿体的自发荧光。

为什么要提供GFP空载的对照图片?

(1)作为整个实验过程中的操作参照,可排除因实验操作而导致目的基因没有荧光信号的影响。

(2)作为载体体系的参照,确认构建载体时所使用的载体是可正常表达荧光蛋白的。



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