长沙男科医院设置专业科室，包括内科、外科、医学检验科、医学影像科、麻醉科、中医科。其中外科主攻泌尿外科（分为：男性功能障碍、前列腺疾病、泌尿感染等）。设置辅助科室3个，包括检验科、放射科、药剂科（中、西药房）。